Historia teologii jako dyscypliny naukowej pełna jest kontrowersji. Stanowiła ona często przedmiot ostrej krytyki, do tego stopnia, że bywała usuwana, jak stało się to we Włoszech w 1875 roku. Również w Niemczech poddano ją surowej krytyce. Niemniej jednak, kierunki teologiczne, czy katolickie, czy protestanckie, czy prawosławne, mają stałe miejsce w ofercie uniwersytetów Unii Europejskiej.

W Portugalii płaci rząd

Instytuty teologii w Europie, zarówno na uczelniach prywatnych jak i państwowych, otrzymują z reguły dotacje, a nadawane przez nie dyplomy są ogólnie uznawane. Teologia katolicka na Uniwersytecie w Leuven i Louvain-la-Neuve jest całkowicie finansowana ze środków publicznych. Portugalia, oprócz Francji, jako jedyna w Europie w konstytucję wpisaną ma zasadę rozdziału Kościoła od państwa. Mimo to, wydział teologii Uniwersytetu w Lizbonie korzysta od 1990 roku ze specjalnego statusu. Nie dość, że funkcjonuje przy państwowej uczelni, jest jeszcze finansowany przez państwo.

W Hiszpanii dyplomy uczelni prywatnych (które są głównie uniwersytetami katolickimi) są uznawane przez państwo. Uczelnie państwowe również mogą tworzyć kierunki teologiczne. W Wielkiej Brytanii i Irlandii, niezależne uczelnie teologiczne są uznawane, bądź wcielone przez uniwersytet wystawiający dyplomy. W krajach nordyckich i niemieckojęzycznych oraz w Holandii i Grecji wydziały teologii są pełnoprawnymi częściami państwowych uczelni.

W przypadku Francji

Tylko Francja jest wyjątkiem. Nauka teologii od 1885 roku jest wyłączona z państwowych uniwersytetów. Według absolwenta teologii katolickiej, Bernarda Senelle’a, francuski laicyzm (będący jedną z najbardziej radykalnych form laicyzmu) jest „uwieńczeniem nie rozdziału władzy politycznej od religijności samej w sobie, lecz wynikiem prawdziwej walki antyklerykalnej, mającej na celu podważenie wpływu Kościoła katolickiego na społeczeństwo, jak i znaczenia chrześcijańskich polityków”. Walka ta doprowadziła w 1879 roku do zakazania nauczania katolickim kongregacjom oraz powołania publicznego, bezpłatnego i laickiego szkolnictwa.

Jednak francuskie prawo, które stoi na straży przestrzegania zasad laickiej edukacji, całkowicie pomija szkolnictwo wyższe. Pełnienie funkcji duchownego nie przeszkadza, by być wykładowcą. Niektórzy widzą w tym odstępstwo od założeń republiki, inni silny dowód na niezależność uniwersytetów. Uniwersytet uważany jest za ostoję wolności słowa, a studenci postrzegani są jako ludzie uformowani, krytyczni i niezależni, nie zaś jako kształtujące dopiero się umysły.
Wolność słowa na uniwersytetach francuskich jest podstawową zasadą, jeśli mieści się w granicach norm politycznych, ekonomicznych i wyznaniowych. Mimo to, nieobecność teologii we Francji stwarza problemy na forum europejskim. Wewnętrzna harmonizacja z procesem bolońskim napotyka na problem uznawania we Francji dyplomów uzyskanych za granicą na uczelniach kościelnych.
Bernard Kouchner, francuski minister spraw zagranicznych oraz abp Dominique Mamberti, sekretarz Stolicy Apostolskiej ds. relacji z państwami, podpisali 18 grudnia 2008 roku umowę w sprawie uznawania stopni naukowych i dyplomów w szkolnictwie wyższym pomiędzy Francją i Stolicą Apostolską. Niedługo po tym francuskie środowisko uniwersyteckie uznało umowę za zamach na laicyzm.

Podziękowania dla PRISME-Société, Prawo i Religia w Europie, jednostce badawczej współpracującej zarówno z Uniwersytetem w Strasburgu, jak i CNRS (francuskim Narodowym Centrum Badań Naukowych), które zorganizowało 30 stycznia 2009 konferencję na temat religii na uniwersytetach europejskich.